Moderné regionálne múzeum s presahom na cestovný ruch, ktoré sa špecializuje na vinohradníctvo, vinárstvo a kultúru vína. Má dlhú tradíciu zbierania sprístupňovania predmetov, ktoré dokumentujú dejiny regiónu. Akcentuje tradičné prvky dejín dnešného Bratislavského kraja – vinohradníctvo a vinárstvo v Pezinku a okolí, keramickú a habánsku tradíciu v Stupave a starobylosť života našich predkov v tejto oblasti na príklade lokality Svätého Jura – v tunajšom múzeu a budúcom archeoparku (súčasné archeologické nálezisko Neštich).  Pobočkami Malokarpatského múzea sú aj preto štyri vysunuté organizácie: Literárne a vlastivedné múzeum vo Svätom Jure, Múzeum Ferdiša Kostku v Stupave, Kaštieľ v Malinove a Synagóga v Senci.