Srdce medzi Moravou a Karpatmi
Povrch dolného Záhoria je rovinatý, rozprestierajúci sa od brehov hraničnej rieky Moravy, cez piesky centrálnej časti až k úbočiam Malých Karpát. V minulosti územie prešlo zložitým geologickým vývojom. Územie okresu Malacky leží na Borskej nížine. Najväčšiu časť jej povrchu pokrývajú viate piesky. Borská nížina vznikla medzi Alpami a Karpatmi poklesom zemskej kôry v neogéne a kvartéri a jej výplň tvoria neogénne sedimenty, vystupujúce na povrch. Pohorie Malých Karpát na východnom okraji regiónu je tvorené kryštalickými bridlicami, prikrytými druhohornými vápencami a kremencami. Na záhorskej strane Malých Karpát sa nachádzajú Borinský a Plavecký kras s jaskyňami, vyvieračkami a kaňonovitými údoliami. K najznámejším patria Zbojnícka jaskyňa, Prepadlé, Deravá skala a Plavecká jaskyňa s dĺžkou takmer 800 metrov, objavená v roku 1790.
Fauna
Priestor Záhorskej nížiny pokrýva ako kultúrna agrárna krajina, tak aj veľké rozsiahle lesy, podmáčané lúky a močiare i nivné lesy popri vodných tokoch. Typické pre Záhorie sú borovicové porasty na pieskovom podloží, viažuce na seba stepnú faunu. Žije tu mnoho vzácnych druhov, medzi nimi najväčší pavúk na Slovensku (strehúň škvrnitý), najväčší vodný chrobák sveta (vodomil čierny) či najväčší blankokrídlovec v strednej Európe (žihadlovka obrovská). Lesy obýva mnoho veľkých cicavcov, ktoré sú vyhľadávanou poľovnou zverou. Úbočia, zrúcaniny a skalnaté výbežky Malých Karpát sú obľúbeným hniezdiskom dravých vtákov. Na dolnom Záhorí žije voľne 269 druhov vtákov, 13 druhov cicavcov, 4 druhy plazov, 13 druhov obojživelníkov, 26 druhov rýb, 650 druhov motýľov a 380 druhov chrobákov.
Flóra
Vegetácia dolného Záhoria je ovplyvnená predovšetkým geologickým podložím a klimatickými podmienkami. Viate piesky sú jedinečným botanickým územím a Borská nížina patrí medzi najzachovalejšie nížinné oblasti s vysokou biodiverzitou v krajine i v strednej Európe. Charakteristické sú borovicovo-dubové a borovicové lesy. Chrbát Malých Karpát pokrývajú väčšinou listnaté lesy – dubohrabové spoločenstvá, menej bučiny. Na najteplejších stanovištiach nachádzame zvyšky lesostepných porastov s dubom plstnatým, poniklecom lúčnym i kosatcom nízkym. V nižších polohách sú charakteristické porasty jelší. V povodí Moravy na opačnej strane územia rastú vŕbovo-topoľové lužné lesy so zložením závislým na pôde a výške spodnej vody. Na dolnom Záhorí v okrese Malacky bolo popísaných približne dvetisíc rastlinných druhov, pričom 200 z nich patrí do kategórie ohrozených a vzácnych druhov.
