Vzťah Bratislavy a železnice trvá už vyše 176 rokov. Za ten čas mali obidve strany na seba aj pozitívny a aj negatívny vplyv, čo sa v konečnom dôsledku vždy prejavilo na usporiadaní železničných tratí v Bratislave, resp. železničnom uzle Bratislava.
Z výsledkov tohto vzťahu sa do dnešných dní zachovalo viacero pamiatok, ktoré dokumentujú nielen rozvoj železničnej siete v Bratislave, ale aj zánik niektorých tratí, ktoré kedysi pretínali mnohé ulice v meste.
Prvé úvahy o železnici smerujúcej do Bratislavy súvisia s výstavbou železnice medzi Viedňou a Krakovom, ktorú plánoval barón Rotschild. Rotschild dostal súhlas na výstavbu hlavnej trate 4. marca 1836 a už o tri dni neskôr, teda 7. marca 1836, podal žiadosť o povolenie výstavby odbočujúcej trate zo stanice Deutsch Wagram cez Marchegg do Bratislavy. Uvedený zámer vyvolal najmä v Bratislave natoľko priaznivý ohlas, že skupina 16 šľachticov, veľkostatkárov a veľkoobchodníkov z Bratislavy a okolia pod vedením baróna Walterskirchena, navrhla výstavbu konskej železnice, ktorej cieľom malo byť zrýchlenie prepravy poľnohospodárskych produktov do Bratislavy. S prepravou osôb sa spočiatku vôbec neuvažovalo. Železnica mala spájať päť kráľovských miest: Bratislavu, Svätý Jur, Pezinok, Modru a Trnavu, a pomocou prvej uvažovanej trate aj s Viedňou. Navrhovaná bola s využitím animálnej trakcie, pretože Uhorsko vtedy nedisponovalo dostatočne vyspelým priemyslom na výrobu tak zložitých strojov, akými boli parné rušne a vozne.
Slobodné kráľovské mesto Bratislava návrh na vybudovanie železnice vrelo podporovala – ponúklo zadarmo potrebné pozemky a vyjadrilo záujem na kúpení účastín. V júni 1837 skupina okolo baróna Walterskirchena predostrela Kráľovskému uhorskému miestodržiteľstvu projekt výstavby železnice a 5. júla požiadala miestodržiteľstvo, aby poskytlo na vypracovanie projektu a rozpočtu potrebných odborníkov. Projektanti trate, ktorých poskytlo Kráľovské uhorské miestodržiteľstvo, trať naprojektovali tak, aby oblúky a umelé stavby vyhovovali už aj parostrojnej prevádzke. 22. januára 1838 sa uskutočnilo prvé valné zhromaždenie spoločnosti, ktoré vypracované projekty a rozpočet schválilo. Rozpočet okrem iného počítal, že sa železnicou ročne prepraví 60 000 cestujúcich a 600 000 metrákov nákladu, čo malo zabezpečiť príjem vo výške 64 555 zlatých. Keďže v Uhorsku neboli vydané predpisy upravujúce povoľovanie, výstavbu a prevádzku železníc, nemohlo byť vydané ani stavebné povolenie a udelená koncesia. Stalo sa tak až 5. marca 1839, kedy cisár rozšíril platnosť rakúskych predpisov aj na Uhorsko a nasledujúci deň, 6. marca 1839 bolo udelené stavebné povolenie.
Aj keď stavebné práce prebiehali spočiatku bez problémov, postupne začali pribúdať ťažkosti (najmä so získavaním pozemkov pre výstavbu a postupným nedostatkom peňazí spôsobeným podcenením nákladov výstavby), ktoré odďaľovali spustenie prevádzky nielen na prvom úseku po Svätý Jur, ale aj na ostatných úsekoch. V lete 1840 sa podarilo dokončiť zemné práce za Svätým Jurom, dokončila sa výstavba stanice v Bratislave a zabezpečilo sa 12 osobných vozňov. Skúšobná prevádzka sa na úseku Bratislava – Svätý Jur začala 24. septembra 1840 a 4. októbra 1840 sa rozbehla aj prevádzka pre verejnosť. Novinkou bolo, že cestovné musel zaplatiť každý bez ohľadu postavenie, čo vzbudilo medzi uhorskou šľachtou a zemanmi veľkú nevôľu.
Keďže bratislavská stanica ležala pomerne ďaleko od „mesta“, ale aj od dunajských prístavov, čo znamenalo časovo a finančne nákladné prekladanie tovaru, bolo potrebné dostavať trať aj smerom k Dunaju a do mesta. Trať vychádzala z hostinca U zeleného stromu, pokračovala cez Námestie Ľ. Štúra a na nábreží Dunaja po Karadžičovu ulicu, kde dosiahla breh už neexistujúceho tzv. novozámockého ramena Dunaja, po brehu pokračovala k budove liadkárne. Tu sa stočila doľava a cez nezastavané časti mesta pri Ondrejskom cintoríne križovala cestu do Prievozu a vtedy ešte bezmenné pokračovanie Dunajskej ulice, potom miernym ľavotočivým oblúkom pokračovala k staničnej budove. Tam sa stáčala na východ a po miernom svahu vrchov viedla cez Raču a Vajnory do Svätého Jura a ďalej cez Pezinok, Modru, Báhoň, Cífer do Trnavy. Mesto Modra však nesúhlasilo s výstavbou železnice na svojom území a trasovanie zmenilo – trať obišla Modru a viedla cez Šenkvice. Týmto krokom sa Modra pripravila o viaceré možnosti rozvoja a postupne sa stratila v tieni Pezinka, ktorý železnicu na svojom území prezieravo prijal. Pre problémy sprevádzajúce výstavbu bol celý úsek až po Trnavu sprevádzkovaný až 1. júna 1846.
Stanica v Bratislave mala 4 kusé koľaje – 2 pre osobnú a 2 pre nákladnú dopravu a priebežnú koľaj pokračujúcu do mesta. Nástupište bolo kryté drevenou konštrukciou, na opačnej strane boli stajne, sklady a kôlne. Na veži budovy slúžil zamestnanec, ktorý chránil majetok železnice a tovar pred zlodejmi a aj pred prípadným požiarom.
V roku 1868 dosahovala železnica lepšie výsledky, než predpokladal pôvodný projekt. Napriek tomu príjmy neumožňovali prechod na parostrojnú prevádzku. To sa podarilo až o niekoľko rokov neskôr, po dvoch zmenách majiteľa. Prevádzka konskej železnice v úseku Bratislava − Trnava bola zastavená 10. októbra 1872, kedy sa začala jej prestavba na parostrojnú. Novovzniknutá spoločnosť Považskej železnice zahájila prevádzku 1. mája 1873 a plánovala vybudovať trať až do Žiliny, kde by bolo možné napojiť sa na Košicko-bohumínsku železnicu. Prestavba sa týkala aj bratislavskej stanice, ktorá bola rozšírená a bola do nej zaústená vlečka do Ludwigovho mlyna. Stanica získala názov Preβburg – Blumental. Prepojenie tratí Považskej železnice a trate Bratislava – Pešť sa v dôsledku finančných a technických problémov podarilo „len“ vybudovaním spojky Rača – Vajnory, napriek tomu vlaky zo Žiliny stále nemohli priamo vchádzať na hlavnú stanicu. Prevádzka bola spustená pravdepodobne 1. januára 1874 (aj keď iné pramene uvádzajú aj dátumy 1. január 1872 alebo 1. február 1872), a tento termín znamenal vznik bratislavského železničného uzla. Ďalšia zmena majiteľa prišla v roku 1879, kedy trate Považskej železnice prevzali Uhorské kráľovské štátne železnice. V roku 1882 vymenil nový majiteľ trate bývalej Považskej železnice za trať Bruck – Komárno, patriace Spoločnosti rakúskych štátnych železníc. Tá jednak dobudovala v rámci Bratislavy spojku medzi hlavnou stanicou a Račou (spojka nezačínala priamo na hlavnej stanici, ale v miestach dnešnej zastávky Bratislava Vinohrady), ktorej prevádzka bola spustená 17. marca 1883, ale tiež chýbajúci úsek Trenčín – Žilina (prevádzka začala 1. novembra 1883) v spojení Bratislavy a Žiliny. Posledná zmena majiteľa trate Považskej železnice prebehla v roku 1891, kedy sa majiteľom druhýkrát stali Uhorské kráľovské štátne železnice.
Do dnešných dní sa z pôvodnej konskej železnice zachovala len budova bratislavskej stanice, ale už bez koľajiska. Napriek tomu, že mala byť v prvej polovici 80. rokov 20. storočia zbúraná, sa ju napokon podarilo zachrániť. V 90. rokoch 20. storočia sa podrobila rozsiahlej rekonštrukcii a v roku 2008 ju získala mestská časť Bratislava Nové Mesto. Od roku 1986 je národnou kultúrnou pamiatkou, čo ruka v ruke s faktom, že je v majetku mestskej časti, dáva záruky na dlhodobé zachovanie takejto ojedinelej a pravdepodobne jednej z najstarších budov slúžiacich železnici. S konskou železnicou a jej osudom úzko súvisí aj železničná stanica Bratislava filiálka, ktorá sa napriek rozsiahlym zmenám a postupnému útlmu prevádzky dožila dnešných dní vrátane prijímacej budovy z roku 1914, pričom existujú zámery na jej zachovanie.
Druhá železnica, aj keď uvažovaná ako úplne prvá, viedla do Bratislavy z Marcheggu a vďaka napojeniu na Severnú dráhu cisára Ferdinanda bolo možné priame spojenie s Viedňou. Pôvodný zámer, aby trať do Bratislavy odbočovala zo stanice Deutsch Wagram, bol zmenený a odbočka do Marcheggu bola nakoniec napojená v stanici Gänserndorf. Takisto ani trasovanie železnice do Bratislavy nebolo spočiatku jednoznačné. Jednak zástupcovia Severnej dráhy cisára Ferdinanda spočiatku uvažovali, že trať po prekročení Dunaja pri Marcheggu a krajinskej hranice bude pokračovať cez Devínsku Novú Ves a Devín po brehu Dunaja až do centra Bratislavy, na druhú stranu sa o trať do Bratislavy začalo zaujímať aj konzorcium baróna Sinu, ktoré zvažovalo spojenie Viedne a Győru po pravom brehu Dunaja s odbočením do Bratislavy. Konzorcium získalo vo februári 1836 súhlas na začatie stavebných prác a 2. januára 1838 aj koncesiu na predĺženie trate z Győru cez Pešť do Terstu. 17. marca 1837 získalo súhlas na začatie predbežných prác na trati z Marcheggu do Bratislavy aj konzorcium Mórica Ullmana. Situáciu vyriešil až nedostatok peňazí a niekoľkoročný odklad. Obrat k lepšiemu nastal až v roku 1844, kedy 24. januára boli odsúhlasené stanovy Uhorskej centrálnej železnice, a táto potom 16. mája získala koncesiu na výstavbu a prevádzku siete železníc od krajinskej hranice cez Bratislavu, Nové Zámky, Pešť po Debrecín a ďalej po Arad a Oradeu s odbočkami do ďalších miest. Pre trať bol nakoniec zvolený smer Marchegg – Devínska Nová Ves – Lamač – Bratislava, pretože vedenie trate po brehu Dunaja do centra už nebol možný z dôvodu hustej zastavanosti južnej časti Bratislavy.
Výstavba trate, ktorú zadala Uhorská centrálna železnica skúsenému staviteľovi Tallachinimu, začala jednokoľajným dreveno-kamenným mostom cez Moravu s dĺžkou 474 m, 215 m dlhým zárezom pri Lamači, 17 m vysokým murovaným Červeným mostom s deviatimi oblúkmi a dvojkoľajným tunelom dĺžky 703,6 m. Červený most a aj tunel boli prvými stavbami svojho druhu v Uhorsku. Na trati boli vybudované stanice Devínska Nová Ves, Lamač a Bratislava a 21 strážnych domčekov. Stanica Bratislava bola vybudovaná ako hlavová na násype zo zeminy získanej pri výstavbe tunela. Prvá skúšobná jazda sa uskutočnila v noci 9. augusta 1848 a prvých cestujúcich priviezol 20. augusta 1848 vlak ťahaný parným rušňom Bihar. Už počas výstavby Uhorská centrálna železnica zápasila s finančnými problémami, ktoré vyústili v odpredaj trate. Dňa 7. marca 1850 ju odkúpil rakúsky štát a zaradil do siete Rakúskej juhovýchodnej štátnej železnice.
Rakúsko malo veľký záujem na dobudovaní železničného spojenia Viedne s Pešťou, preto dostavba prebiehala veľmi rýchlo. Skúšobné jazdy úseku Bratislava – Nové Zámky sa uskutočnili 21. novembra 1850 a 16. decembra 1850 bola spustená prevádzka na úseku Bratislava – Štúrovo. Novovybudovaná trať sa s konskou železnicou Bratislava – Trnava križovala len mimoúrovňovo a zatiaľ sa nepočítalo s ich prepojením z dôvodu rozdielností trakcií (animálna verzus parostrojná). Hlavová stanica v Bratislave však nemohla funkčne slúžiť aj tejto trati, preto bola vybudovaná nová, nazvaná Bratislava hlavná stanica. Nachádzala sa v miestach koľajiska súčasnej bratislavskej hlavnej stanice. Aj keď vlaky z Viedne ešte nejaký čas prichádzali na koľaje starej stanice, postupne prechádzala osobná doprava do stanice novej. Koľajisko, ktoré sa nedalo rozšíriť, čoskoro prestalo vyhovovať aj nákladnej doprave, preto sa zriaďovanie vlakov presunulo do Devínskej Novej Vsi. Nevýhodou novej stanice bola absencia prijímacej budovy. Preto bola v roku 1860 vybudovaná provizórna drevená budova a neskôr, v roku 1871 vybudovala definitívnu klasicistickú budovu Spoločnosť rakúskych štátnych železníc. Tá ju v roku 1889 rozšírila a v rokoch 1903 a 1904 ju prestavali Uhorské kráľovské štátne železnice.
V roku 1855 sa aj rakúsky štát vzdal vlastníctva svojich tratí, či už prevádzkovaných, alebo rozostavaných, a predal ich trom súkromným spoločnostiam – trať Bratislava – Pešť prešla do rúk Spoločnosti rakúskych štátnych železníc. Spoločnosť významne prispela k rozvoju železníc v Bratislave, nechala zdvojkoľajniť trať do Štúrova a vybudovať spojku medzi traťami do Žiliny a do Nových Zámkov/Pešti. Takisto ako trate bývalej Považskej železnice, aj úsek trate medzi Viedňou a Pešťou ležiaci na území dnešného Slovenska zmenil v roku 1891 majiteľa a tým sa stali Uhorské kráľovské štátne železnice. Nového majiteľa čakala neľahká úloha, pretože sa postupne zhoršoval stav bratislavského tunela, a to až do takej miery, že 18. januára 1900 došlo k závalu v dĺžke asi 40 metrov. Situácia si s ohľadom na prevádzku nakoniec vyžiadala nielen opravu jestvujúceho tunela, ale aj výstavbu nového, ktorého komisionálne prevzatie prebehlo 14. októbra 1902. Medzi ďalšie práce, ktoré Uhorské kráľovské štátne železnice zrealizovali, patrí napríklad rozšírenie stanice Lamač, vybudovanie drevených čakární na zastávke Červený most (dnešná zastávka Železná studienka) alebo už spomínané prestavby prijímacej budovy na hlavnej stanici.
Rozsah trate Marchegg – Bratislava – Budapešť a počet stavieb, ktoré pre svoju prevádzku potrebovala a vývoj, ktorým si od svojho vzniku prešla spôsobila, že sa do dnešných dní v Bratislave zachovalo väčšie množstvo objektov, ktoré dobre dokumentujú vývoj spojenia troch významných miest Rakúsko-Uhorska. Medzi zachované objekty, ktoré sú pamiatkovo chránené, patrí: výpravná budova s čakárňou zastávky Železná studnička, dom strážnika oddielu na zastávke Železná studnička, fragment piliera Červeného mosta, tunel na zhlaví bratislavskej hlavnej stanice, ďalej staničná budova, koľajisko a dva sklady tovaru prvej parostrojnej železnice (sklady a koľajisko v súčasnosti využíva Múzeum dopravy Slovenského technického múzea). Zachovanie by si určite zaslúžili aj ďalšie objekty mapujúce históriu tejto železničnej trate, napr. výpravná budova bratislavskej hlavnej stanice, ktorá počas svojej existencie zažila niekoľko významných stavebných zmien (posledná a z architektonického hľadiska najmenej vydarená bola ukončená v roku 1989), alebo výpravná budova stanice Bratislava Vajnory, ktorá je reprezentantom obdobia vlastníctva trate Spoločnosťou rakúskych štátnych železníc. Naopak, do dnešných dní sa nepodarilo zachrániť drevenú čakáreň na zastávke Železná studienka v smere na Kúty, ktorá bola od roku 2002 národnou kultúrnou pamiatkou. Dňa 20. septembra 2010 bola úplne zničená požiarom.
Ďalší vývoj železnice v Bratislave súvisel s výstavbou nového stáleho mosta, ktorý v meste veľmi chýbal, ale žiadny záujemca o prepojenie brehov Dunaja nemal dostatok prostriedkov na jeho výstavbu popri realizácii vlastného zámeru. Most sa nakoniec podarilo postaviť vďaka príspevku zo štátneho rozpočtu. Projektantom bol inžinier Cathry. Stavebné práce sa začali v apríli 1889 a cestný most bol odovzdaný do užívania 30. decembra 1890 za účasti panovníka Františka Jozefa I., po ktorom bol most pomenovaný. Železničný most, na ktorého stavbe sa finančne podieľala železnica Bratislava – Szombathely, začal svoju prevádzku až 9. novembra 1891. Výstavba samotnej železnice začala zhruba rok predtým a prevádzka sa začala práve dňom otvorenia železničného mosta. Ešte pred dokončením výstavby železnice sa spolu s ďalšími uhorskými miestnymi železnicami spojila do spoločnosti s názvom Zadunajské miestne železnice.
V Bratislave si železnica vybudovala stanicu Bratislava Nové Mesto v priestore za Ondrejským cintorínom. Zo stanice viedla trať vpravo od niekdajšej trate konskej železnice, pravým oblúkom prešla k Dostojevského radu a ľavým oblúkom so stúpaním na železničný most. Za mostom pokračovala do novej stanice Petržalka, po prekročení krajinskej hranice vchádzala do novej stanice Rusovce (do roku 1947 obec patrila Maďarsku) a cez stanicu Rajka ďalej. Stanica Bratislava Nové Mesto (v roku 1962 premenovaná na Bratislava Nivy) bola jednou koľajou pripojená k niekdajšej konskej železnici a jednou odbočujúcou koľajou k prístavu na brehu Dunaja (označovaná ako koľaj na nábreží Dunaja). Prvou významnou vlečkou, ktorá bola napojená na stanicu Bratislava Nové Mesto, resp. na koľaj na nábreží Dunaja, bola vlečka rafinérie Apollo. Verejnoprávna pochôdzka vlečky sa uskutočnila 7. augusta 1895.
Stanicu Bratislava Nové Mesto použila aj ďalšia miestna železnica, ktorá mala spojiť Bratislavu s Dunajskou Stredou a Komárnom. Od železnice sa očakávalo, že prinesie rozmach Žitného ostrova a jej výstavbu podporovali mestá, obce, ale aj súkromné osoby. Prípravné práce začali 30. októbra 1893 a 22. augusta 1895 sa uskutočnila technicko-policajná pochôdzka a vypravením slávnostného vlaku bola začatá prevádzka pre verejnosť. Trať vychádzajúca zo stanice Bratislava Nové Mesto pokračovala súbežne s koľajou niekdajšej konskej železnice, v mieste križovania Záhradníckej a Karadžičovej ulice sa stáčala doprava a súbežne s Trnavskou ulicou pokračovala do Vrakune a Podunajských Biskupíc, kde bola vybudovaná nová stanica. 17. novembra 1896 bola spustená prevádzka aj na trati z Dunajskej Stredy do Komárna, ale až v roku 1903 boli obidve železnice spojené a ich prevádzka riadne zosúladená.
Aj o ďalšiu miestnu železnicu, ktorá mala spojiť dve najvýznamnejšie mestá západného Uhorska, Bratislavu a Sopron, sa záujemcovia zaujímali už pred rokom 1890, ale ich zámery brzdili náklady na výstavbu mosta cez Dunaj. Po výstavbe mosta a mnohých rokovaniach o trasovaní trate a financovaní jej výstavby sa slávnostný výkop uskutočnil 21. marca 1897 na mieste budúceho nákladiska Durvay v Petržalke. Keďže trať využívala už viaceré existujúce trate, museli sa dobudovať len chýbajúce úseky. V Bratislave trať začínala na stanici Bratislava Nové Mesto a až do stanice Petržalka využívala už jestvujúcu trať spoločnosti Zadunajské miestne železnice. Z Petržalky trať viedla cez novú zastávku nákladiska Durvay a novú stanicu Kopčany smerom na ďalšiu novú stanicu Parndorf, a ďalej smerom na Wulkaprodersdorf a Sopron. Slávnostné začatie prevádzky trate Sopron – Bratislava sa uskutočnilo 16. decembra 1897 a verejná prevádzka bola spustená o dva dni neskôr.
Na dlhú dobu poslednou železnicou, ktorá mala zmeniť bratislavský železničný uzol, mala byť trať opäť spájajúca Bratislavu s Viedňou, ale po opačnom brehu Dunaja. Pôvodne sa uvažovalo o dostavbe úseku parnej železnice Bratislava – Hainburg, druhý návrh inžiniera Josefa Taubnera predložený v roku 1899, ktorý sa nakoniec podarilo presadiť, predpokladal prepojenie električkových sietí Viedne a Bratislavy. Nové spojenie oboch miest sa ale nepozdávalo viacerým spoločnostiam, mnohí uhorskí odporcovia železnice ju dokonca označili za škodlivú a nebezpečnú. Keď sa podarilo tento odpor a nevôľu prekonať, ukázala sa ako ďalším problémom dohoda medzi zúčastnenými stranami v Bratislave. Uvedené spory zapríčinili neustále odďaľovanie začiatku výstavby. Až v júli 1912 sa rozbehli práce na zosilnení cestného mostu cez Dunaj tak, aby vyhovoval prejazdu železničných vozidiel. Do decembra toho istého roku boli práce na moste ukončené a ukončená bola aj výstavba železničného spodku z Petržalky po krajinskú hranicu. Ďalšie práce prebiehali tak, že dňa 31. decembra 1913 bola vykonaná, aj keď neúspešná, skúšobná jazda po slučke v centre mesta. Druhá, už úspešná skúšobná jazda sa uskutočnila 5. januára 1914 a následne 8. januára sa prešiel celý uhorský úsek po krajinskú hranicu. 22. januára nasledovala technicko-policajná pochôdzka a slávnostné začatie verejnej prevádzky sa po odklade uskutočnilo 1. februára 1914.
Trať z Viedne po Bratislavu bola rozdelená na tri úseky s rozchodom 1435 mm, ale s rozličným technickým riešením. Prvý úsek začínal vo Viedni v hlavovej stanici Veľká tržnica a bol napájaný jednosmerným systémom s napätím 600 V. Končil vo výmennej stanici Groβ Schwechat, ktorá bola ale elektrifikovaná už striedavým systémom 15 kV 16 2/3 Hz. Druhý úsek pokračoval z Groβ Schwechatu a končil až na uhorskom území vo výmennej stanici Kopčany. Tam začínal tretí úsek smerujúci cez dunajský most do Bratislavy. Elektrifikovaný bol jednosmerným systémom bratislavských električiek s napätím 550 V. Tretí úsek sa skladal z dvoch častí. Prvá časť viedla zo stanice Kopčany po petržalskú stranu mosta cez Dunaj, kde sa koľaj rozdeľovala výhybkou na dve. Druhá časť pokračovala cez most na terajšie Námestie Ľ. Štúra, kde bola konečná stanica. Z nej pokračovala slučka, ktorá sa pri divadle napojila na trať mestskej električky na Jesenského ulici, doplnenej treťou koľajnicou pre rozchod 1435 mm. Z Jesenského ulice pokračovala po Štefánikovej ulici na Šafárikove námestie a ďalej späť na most. Tri rôzne napájacie systémy boli zvolené z dôvodu existencie pôvodných systémov vo Viedni a Bratislave, ale aj pre požiadavku armády, ktorá trvala na prevádzke nákladných vlakov. Obmedzením bola aj nízka nosnosť mosta v Bratislave napriek jeho úprave počas výstavby trate.
Trať sa počas prevádzky stretávala s viacerými problémami, napriek tomu s obmedzeniami fungovala aj počas 1. svetovej vojny. Avšak po skončení vojny, najmä v súvislosti so vznikom nových štátov začal postupný zánik elektrickej železnice. Po postupných obmedzeniach prevádzky prišiel 4. október 1935, kedy boli naposledy vypravené priame vozne na cestu medzi Bratislavou a Viedňou. Tento deň možno považovať za deň zániku Miestnej elektrickej železnice.
Napriek tomu, že zánik železnice sa udial pred osemdesiatimi rokmi, podarilo sa do dnešných dní zachovať niekoľko objektov pripomínajúcich jej existenciu. Viac sa ich podarilo zachovať na rakúskej strane, no aj na území Slovenska sa niektoré dožili dnešných dní. Okrem zvyškov telesa trate je to najmä staničná budova stanice Kopčany a budova rušňovej remízy v Kopčanoch, ktorá bola pomerne nedávno vyhlásená za kultúrnu pamiatku.
Rozvoj bratislavského železničného uzla nesúvisel len s výstavbou nových tratí, ale aj so vznikom nových „špecializovaných“ pracovísk železnice. Takým bola najmä novovybudovaná zriaďovacia stanica na už existujúcej spojke medzi Račou a Vajnorami, sprevádzkovanej v roku 1872. Jej vznik úzko súvisel s ťažkosťami spojenými s preplnením uzla Bratislava nákladnou železničnou dopravou, ktorej musela čeliť najmä hlavná stanica. Zriaďovacia stanica začala svojmu účelu slúžiť pravdepodobne v roku 1893 a potreby stanice si v nasledujúcom období vyžiadali výstavbu viacerých prevádzkových budov, najmä tých, ktoré vyžadovalo rušňové depo. Takto bol vytvorený základ dnešnej pamiatkovej zóny staré rušňové depo Bratislava východ. Významný vplyv na zachovanie väčšiny budov v rámci areálu mali najmä fakty, že rušňové depo nebolo poškodené počas bombardovania stanice cez 2. svetovú vojnu a vyhlo sa aj väčším stavebným úpravám, ktoré si inde vyžadovala prevádzka. V dôsledku toho je dnes v areáli za kultúrnu pamiatku vyhlásených 5 budov – rušňová remíza, veľká a malá vodáreň, bývalá personálna kuchyňa a trubkáreň. Ďalšie budovy by mali byť v budúcnosti zapísané do Ústredného zoznamu kultúrnych pamiatok, pretože majú veľkú výpovednú a historickú hodnotu. Pozitívom je aj fakt, že v areáli dlhodobo pôsobí podnikové múzeum Železníc Slovenskej republiky (prakticky od prelomu 70. a 80. rokov 20. storočia), ktoré tu buduje železničné múzeum.
Industrializácia Bratislavy a s tým spojený vznik mnohých tovární vyžadoval aj ich napojenie na už existujúce trate tak, aby mohli byť výrobky prepravované po železnici na rôzne trhy nielen v Uhorsku. Už na prebudovanú Považskú železnicu sa najskôr na šíru trať pripájala v roku 1873 založená továreň Dynamit Nobel. Takisto ani oblasť v okolí Dunaja a továrne v blízkosti stanice Bratislava Nové Mesto sa nezaobišli bez železničných vlečiek. Takto boli napojené napr. rafinéria Apollo, Uhorská cvernovka, akciová spoločnosť Kablo, prístav a mnohé ďalšie. Mnohé továrne sa sústredili pozdĺž Račianskej ulice a podobne ako továreň Dynamit Nobel sa pripájali na trať bývalej konskej železnice. V okolí stanice Bratislava filiálka existovalo niekoľko tovární, ktoré využívali služby železnice. Stiesnené pomery však nedovoľovali bezproblémové napojenie vlečiek do stanice. Preto sa v prípade vlečky firmy Siemens muselo pristúpiť k unikátnemu riešeniu – použitiu tzv. Rohlederovej koľajnice, ktorá umožňuje prechádzať oblúky s polomerom len 40 metrov. Inokedy bolo možné stiesnené pomery vyriešiť použitím sústavy toční pre jeden vozeň (takto bola riešená aj vlečka Ludwigovho mlyna).
Prvé významnejšie prebudovanie bratislavského uzla prišlo v roku 1893. Prebudovalo sa kríženie trate Bratislava – Trnava a Bratislava – Nové Zámky s traťou Bratislava filiálka – Bratislava Rača. Zároveň sa vyriešilo aj napojenie novej zriaďovacej stanice, dnešnej Bratislavy východ.
Druhé prebudovanie prebiehajúce od roku 1959 súviselo s odstránením viacerých križovaní železnice a mestskej dopravy, čo dovtedy výrazne obmedzovalo dopravu v meste. Najskôr bola preložená trať Bratislava – Dunajská Streda tak, aby sa vyhla zastavaným častiam okolo zimného štadióna. Vznikol tak prvý úsek Bratislavskej železničnej obvodovej komunikácie, čo viedlo aj k vybudovaniu novej stanice Bratislava Nové Mesto a jej napojeniu na hlavnú stanicu a stanicu Bratislava predmestie. Nasledovala výstavba Ústrednej nákladnej stanice (ÚNS), do ktorej boli zaústené vlečky Slovnaftu a bratislavského vlečkového systému pôvodne odbočujúceho zo starej stanice Bratislava Nové Mesto. Význam tejto stanice (od roku 1962 Bratislava Nivy) poklesol aj vytvorením provizórnej spojky z ÚNS na starý most. Celú prestavbu zavŕšilo dokončenie diaľnično-železničného mosta cez Dunaj, vďaka ktorému sa stanica ÚNS napojila definitívnou traťou do Petržalky. Na základe toho mohla byť úplne zlikvidovaná trať v úseku od starého mosta po zhlavie stanice Bratislava filiálka vrátane stanice Bratislava Nivy (1984). Do dnešných dní za zachovala len rušňová remíza stanice Bratislava Nivy, ktorá po úpravách slúži na mimoželezničné účely. Z tohto obdobia bude v budúcnosti zaujímavá pre ďalšie zachovanie najmä staničná budova Bratislava Nové Mesto.
Ďalšími artefaktami železničnej histórie, ktoré úzko súvisia s Bratislavou, jej železničným uzlom, a teda aj s rozvojom Bratislavy, sú rôzne predmety v zbierkach železničných múzeí. Najviac z nich je zachovaných v zbierke podnikového múzea železníc, dnešného Múzejno-dokumentačného centra ŽSR (MDC), ktoré sídli v už spomínanej pamiatkovej zóne Rušňové depo Bratislava východ. Z tejto sféry ochrany železničnej histórie možno spomenúť nákladné parné rušne vykurované mazutom radu 555.3 typické pre Bratislavu a okolie, z ktorých sa do dnešných dní na Slovensku zachovali dva, pričom jeden je od roku 2011 opäť prevádzkyschopný. Návestná lávka, pomocou ktorej sa od konca 19. storočia zabezpečovala železničná doprava na hlavnú stanicu v smere od Rače, Vajnor a Vychodneho nádražia, je takisto súčasťou zbierok MDC, doposiaľ však nebola zreštaurovaná. V zbierkach je zachovaná aj časť Rohlederovej koľajnice zabezpečujúcej v minulosti obsluhu vlečky spoločnosti Siemens v stiesnených pomeroch zo stanice Bratislava filiálka.
Uvedený vývoj železničnej siete na území Bratislavy, zachované pamiatky železničnej dopravy v Bratislave a popisované vzájomné vzťahy naznačujú, že železnica napomohla Bratislave napredovať, a že rozvoj Bratislavy bez železnice by sa uberal výrazne iným smerom a pomalším tempom. Na druhej strane potreby Bratislavy umožňovali železnici sa na svojom území rozširovať a rozvíjať, ale len do momentu, kým ju nepredbehol rozmach samotného mesta.
