Programy spolupráce sú doplnkom hlavných európskych programov a sú primárne určené na ďalšiu spoluprácu v špecifických politických oblastiach. Programy spolupráce sú výsledkom spoločného úsilia všetkých zúčastnených krajín s cieľom umožniť financovanie aktivít, ktoré povedú k intenzívnejšej spolupráci medzi regiónmi so spoločnou medzištátnou hranicu.

Aktuálne na Slovensku funguje 5 programov cezhraničnej spolupráce:

Program spolupráce Interreg V-A Slovenská republika – Rakúsko

Program spolupráce Interreg V-A Slovenská republika – Maďarsko

Program spolupráce Interreg V-A Slovenská republika – Česká republika

Program spolupráce Interreg V-A Slovenská republika-Poľsko 

Program ENI Cezhraničná spolupráca Maďarsko – Slovensko – Rumunsko – Ukrajina 2014 – 2020